艾烟对健康有积极作用，但也存在有害的作用。现在科学表明：艾烟及挥发油中含有的一些成分，如α-侧柏酮(又名守菇酮)对神经系统有副作用，大量吸入会引起癫痫样惊厥。艾燃烧过程中产生焦油、苯甲醛、苯酚、2，4-二甲基苯酚和绿花白千层醇等芳香烃物质，这些物质也会对人体产生不利的影响。
作为现代人，我们应该以科学的眼光理性的看待问题，不应该盲目迷信，盲目崇拜。即使是艾制品的生产或者销售人员，也不能为了利益大肆鼓吹艾烟的益处，忽略艾烟的害处。曾经看到有人这样说：“艾烟完全无害，多吸些有助清肺。”出现这样的说法只有两种可能，要么是被别人忽悠了，要么是准备忽悠别人。
俗话说：“是药三分毒”，没有任何一种药物是绝对安全的，但又不能因少量的毒性物质而放弃使用。所以，怎样在艾烟疗效与安全性两者之间找到恰当的平衡点，是我们要考虑的。古人做艾灸多是直接灸，直接灸所需的艾绒很少，所以产生的艾烟并不多，另外，古人的房屋多是独立的，顶梁高且南北通透，产生的少量艾烟可以迅速的稀释流失。
艾烟也有其药理作用：1、抗菌作用；2、抗真菌作用；3、抗病毒作用；4、平喘镇咳作用。